提到DNA,,是不是馬上會聯(lián)想到雙螺旋,?跟DNA有關(guān)的結(jié)構(gòu)可不止這一種,,科學(xué)家們現(xiàn)在已經(jīng)利用DNA折紙技術(shù),,構(gòu)建出四面體,、六面體和棱柱體等復(fù)雜結(jié)構(gòu)——
在人們印象中DNA一直是雙螺旋的模樣,,而9月7日,,中美科學(xué)家聯(lián)合開發(fā)出了“巨型DNA”,,并將其“釘”在一起,,構(gòu)建出更大、更復(fù)雜的結(jié)構(gòu),,例如四面體,、六面體、棱柱體等等,。讓DNA可以如此隨心所欲地改變結(jié)構(gòu),,主要依靠了DNA折紙技術(shù),其概念提出者美國加州理工學(xué)院的保羅·羅斯蒙德甚至用DNA在硅片上繪制成一幅名畫《星空》,。
科學(xué)家們研究DNA折紙技術(shù)可不是為了搞“藝術(shù)創(chuàng)作”,,其目的是利用DNA的堿基配對特性,,將其用作原料構(gòu)建納米模型,而非遺傳信息的載體,。未來,,利用DNA折紙技術(shù)可以制成納米機器人、合成疫苗,、DNA“硬盤”,、納米膠囊藥物……
從二維到三維 DNA“折”出各種形狀
“DNA折紙技術(shù)就是將連成片的DNA當(dāng)作‘紙’,通過設(shè)計和堆疊,,構(gòu)建出自己想要的模樣,。”天津化工學(xué)院教授,、博士生導(dǎo)師齊浩表示,,像折疊一條長帶子那樣,把一條緊密盤繞的DNA長鏈反復(fù)折疊作為“紙張”,,而許多短的單鏈DNA發(fā)揮著類似于“訂書針”的功能,,可以固定長鏈DNA特定的位置,從而在二維或三維空間上堆疊出復(fù)雜的結(jié)構(gòu),。
DNA之所以可以按需求被折疊,、粘貼,還要歸功于它獨特的雙螺旋結(jié)構(gòu):兩條平行,、反向的單鏈之間按照精密的堿基互補原則相連接,,就像一把鑰匙配一把鎖,具有唯一性和高度特異性,?!斑@些堿基的化學(xué)組成使得設(shè)計好堿基排序的兩條DNA單鏈,能在茫茫鏈海中找到彼此,,緊密結(jié)合,,最終組成研究者想要的形狀?!饼R浩說。
“進行DNA折紙,,首先需要通過程序化軟件進行序列設(shè)計,,然后將模板鏈和輔助折疊鏈以一定比例混合進行退火雜交,并將獲得的組裝結(jié)構(gòu)進行后續(xù)的功能化修飾和最終純化等操作,?!饼R浩解釋說,“模板鏈就是作為支架的DNA長鏈,,輔助折疊鏈就是‘訂書釘’,?;旌螪NA與‘訂書釘’,加熱至一定溫度,,并冷卻至室溫,,這些鏈會按照事先設(shè)計好的序列,自發(fā)形成所需的形狀,。由于每條DNA鏈都彼此不同,,整個DNA折紙結(jié)構(gòu)是完全可尋址的,可任意指定地點對結(jié)構(gòu)進行功能化修飾,?!?/p>
從2D笑臉表情到3D幾何物體和字母積木,折紙技術(shù)也越來越高超,?!熬湍壳癉NA折紙的發(fā)展程度,理論上能設(shè)計出的二維或三維結(jié)構(gòu)都是可以通過DNA折紙技術(shù)實現(xiàn)的,?!饼R浩說。
“在2006年,,羅斯蒙德提出了DNA折紙技術(shù)后,,他所在的實驗室開發(fā)過一種叫作caDNAno軟件程序,通過這一程序可以手動構(gòu)建出支架DNA折紙的二維圖紙,?!饼R浩介紹,后來升級的新型軟件程序dubbed CanDo,,既容納了caDNAno的二維設(shè)計性能,,還可用于預(yù)測能最終設(shè)計出的三維結(jié)構(gòu)。
隨著DNA折紙技術(shù)的發(fā)展,,美國亞利桑那州大學(xué)生物與化學(xué)研究所的嚴(yán)浩課題組,、哈佛大學(xué)的殷鵬課題組等開發(fā)出了更加復(fù)雜的DNA折紙技術(shù),能將控制單鏈的DNA折疊回來,,形成二維或三維納米結(jié)構(gòu),,成功創(chuàng)造更多復(fù)雜的形狀?!案倪M后的技術(shù)也使折紙的穩(wěn)定性大大提高,,并讓利用DNA折紙技術(shù)形成任意形狀成為可能?!饼R浩對記者說,。
遞送藥物、儲存信息 經(jīng)過折疊的DNA“能力”爆棚
納米機器人是DNA折紙技術(shù)的最大應(yīng)用領(lǐng)域之一,,目前納米機器人在藥物遞送和疾病治療方面表現(xiàn)出巨大的潛力,?!鞍袲NA折成各種形狀的結(jié)構(gòu)后,其中一個用途就是攜帶諸如藥物分子,、金屬納米顆粒和蛋白質(zhì)等物質(zhì),。”齊浩介紹,,一般分子是攜帶在“訂書釘”上,,因為每個DNA納米結(jié)構(gòu)包括大約200個訂書釘,可以精確攜帶“貨物”,。
“目前研究人員已經(jīng)生產(chǎn)出這種納米機器人,,這些納米機器人能夠攜帶藥物沿著設(shè)計的路徑移動,精準(zhǔn)到達(dá)病灶的位置,,進行精準(zhǔn)給藥,。”齊浩介紹,,例如2018年嚴(yán)浩團隊與我國國家納米科學(xué)中心的研究人員聯(lián)合開發(fā)的一種DNA納米機器人遞送系統(tǒng),。該納米機器人攜帶可導(dǎo)致血栓形成并殺死腫瘤的凝血酶,通過識別腫瘤微環(huán)境信號,,將藥物精準(zhǔn)送至腫瘤附近血管,。然后利用核仁素、定向序列及“拉鏈”序列等部件,,將納米機器人打開,,讓藥物精準(zhǔn)
釋放,在腫瘤附近形成血栓,,阻斷腫瘤供給,,從而實現(xiàn)“餓死”腫瘤的目的。
“除了納米機器人,,DNA折紙技術(shù)在醫(yī)療領(lǐng)域還可構(gòu)建用于治療或診斷的傳感器,、藥物和疫苗?!饼R浩舉例說,,比如研究人員將鏈霉親和素和寡核苷酸抗原搭載在四面體DNA納米結(jié)構(gòu)上,形成合成疫苗,。在小鼠研究中,,相比于鏈霉親和素和寡核苷酸的混合物,該疫苗能讓小鼠體內(nèi)產(chǎn)生更多的抗體,,增強免疫響應(yīng)。
“通過DNA折紙結(jié)構(gòu),,甚至可以制造藥物納米片,。在細(xì)胞內(nèi)根據(jù)需要,,可產(chǎn)生藥物的DNA折紙納米膠囊?!饼R浩解釋說,,理論上,納米膠囊應(yīng)包含RNA聚合酶——這是一種能夠產(chǎn)生RNA和DNA模板的酶,。一旦被激活,,納米膠囊將開始制造和釋放有效載荷,就像病毒使用細(xì)胞內(nèi)的物質(zhì)來復(fù)制自身一樣,。
DNA折紙也被應(yīng)用到干細(xì)胞的研究中,。在過去的干細(xì)胞研究中,所采用的藥物或材料都面臨著生物相容性差,、生物利用度低等諸多問題,,DNA折紙形成的DNA四面體納米結(jié)構(gòu)(TDN)具有促進干細(xì)胞進行自我更新、促進干細(xì)胞遷移以及促進干細(xì)胞向特定方向分化等諸多優(yōu)勢,。
在醫(yī)療領(lǐng)域之外,,DNA折紙技術(shù)對信息儲存和加密領(lǐng)域也有所推動?!叭绻袲NA當(dāng)做硬盤使用,,其對信息的存儲效率遠(yuǎn)超硬盤500萬倍,節(jié)省空間且更加穩(wěn)定,?!饼R浩介紹,通過DNA折紙技術(shù)集成后的DNA圖案還可以包含空間位置排列,、集成單元數(shù)量等信息,,可大大提升DNA的信息承載能力。
效率低成本高 改進折紙技術(shù)還要靠RNA
盡管DNA納米技術(shù)已經(jīng)問世20多年了,,仍然面臨著很多挑戰(zhàn),。“DNA折紙可以對人類健康產(chǎn)生很大影響,,但產(chǎn)出比是關(guān)鍵問題,,現(xiàn)在產(chǎn)出率還不到克級別?!饼R浩表示,,以目前的技術(shù),還無法做到大規(guī)模的量產(chǎn),。而且與低效率同時存在的是高成本,。目前DNA折紙的成本非常高,實驗室中“折”出很小的一個圖形,就需要花費數(shù)千元甚至上萬元人民幣,。
另外一個難題是可以被附著到DNA上的材料品種非常少,。研究人員正在努力擴大折紙設(shè)計可以使用的材料范圍。比如嘗試將蛋白質(zhì)作為“訂書釘”來組裝DNA,,或更新caDNAno設(shè)計軟件程序,,以囊括RNA和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)單元的使用。
“目前最大的限制還是對自組裝過程的控制不足,。隨著DNA折紙結(jié)構(gòu)越來越大,,錯誤折疊的機會會增加。目前研究人員正在尋找新的策略來抑制自組裝錯誤,?!饼R浩介紹,羅斯蒙德提出的一種可能性是拋棄傳統(tǒng)方法(體外混合,、加熱和冷卻方法),,而使用細(xì)胞來進行合成工作。對于更復(fù)雜的折紙納米結(jié)構(gòu),,可能必須使用RNA,。與DNA不同,單鏈RNA可以在沒有“訂書釘”的情況下保持形狀,。但目前RNA納米材料領(lǐng)域幾乎是一塊“處女地”,,需要學(xué)習(xí)的東西還很多。